Une phase très importante du procédé est le malaxage qui vient après le broyage. Le malaxage consiste dans le mélange de la pâte d’olives pour aider la séparation de la phase liquide (huile et eau de margin) dès la phase solide (grignon) qui sera effectuée après par l’extracteur centrifuge.
Le malaxage est necessaire pour incrémenter la percentage d’huile libre qui permet aux petites gouttes d’huile de se rassembler auxquelles plus grandes. Ces gouttes plus grandes facilitent la séparation dans la phase d’extraction suivante.
La temperature de la pâte et la durée du malaxage sont des factuers fondamentals. L’ accroissement de la temperature et de la durée peut augmenter le rendement en extraction d’huile; mais cet augmentation est progressivement plus petit lors que la durée de malaxage monte. Tandis que l’accroissement de la temperature reduite la viscosité de la pâte et il aide la séparation des phases liquides (eau et huile).

Cependant les accroissements de la temperature et de la durée du malaxage influent négativement le niveau des anti-oxydantes naturals propre de l’huile d’olive. En particulier, l’accroissement de la temperature provoque l’augmentation de la quantité de peroxides de l’huile; aussi les caractéristiques organoleptiques sont influencées négativement par une temperature très haute à cause de l’accroissement des polyphénols, les responsables du goût amer.